认识到液相色谱-质谱/质谱是一项战略技术，许多临床实验室现在正在使用它来代替其他方法。传统上，免疫测定主要用于测量低分子量化合物。然而，它们受到一些限制，包括特异性问题、不同制造商的测试之间缺乏一致性，以及由于抗体的交叉反应性不同，同一制造商的批次之间存在差异。此外，异嗜抗体和钩效应可能会限制许多免疫测定的动态测量范围。


　　另一方面，质谱/质谱对许多分析物具有优异的选择性，因为它通过至少两个物理特征来识别它们，——它们的母离子和产物离子质量。随着软电离技术(如电喷雾电离和大气压化学电离)的引入，低分子量分子可以在液相中电离，从而实现高性能液相色谱和质谱/质谱的耦合.当质谱与液相色谱结合使用时，保留时间增加了另一个属性，以正确识别分析物，从而提高特异性。


　　检验科也经历过厂家意外将免疫检测退出市场的情况，这让实验室疯狂寻找替代方法将检测结果返还给订购医生。这些经验为实验室改用液相色谱-串联质谱法提供了另一个理由


　　质谱/质谱还显示出灵活性和多功能性，使实验室能够在美国食品和药物管理局批准的用于测量生物标志物或新批准药物的试剂盒或免疫测定进入市场之前，提供新的实验室开发的测试(LDT)。此外，与免疫分析和其他方法相比，液相色谱-质谱/质谱的灵敏度可能会使某些分析物(如类固醇)的检出限较低。


　　液相色谱-质谱/质谱的另一个优点是，它使临床实验室能够同时对各种感兴趣的分析物进行多重分析、鉴定和定量。多路复用降低了每次测试的成本。与固相萃取或衍生化等更耗时、更昂贵的样品制备方法相比，液相色谱-质谱/质谱通过简化或最大限度地减少某些应用(如稀释和注射或蛋白质碰撞)的样品制备，提供了其他成本节约和更高的通量。在其他方法中，如气相色谱(GC)，极性化合物的衍生化或化学修饰是必要的，因为这些化合物必须具有足够的挥发性才能进行分析。然而，衍生化过程增加了样品制备的时间、人力和成本。


　　液相色谱-质谱/质谱挑战虽然液相色谱-质谱/质谱有很多优点，但也有一些缺点。作为一个高度复杂的系统，液相色谱-质谱/质谱需要高水平的技术专长来开发和验证LDT和故障排除仪器。此外，美国食品和药物管理局最近发布的LDT法规指导文件草案可能会影响大多数在液相色谱-质谱/质谱上开发和执行的测试.目前，实验室根据CLIA标准开发和验证液相色谱-质谱/质谱分析，该标准为临床实验室的实验室检测和认证程序建立了质量标准。与美国食品和药物管理局批准的测试不同，LDT有额外的分析验证要求，包括评估不精确性、准确性、线性、回收率、灵敏度、特异性、残留、离子抑制、可接受的样品类型/收集管/抗凝血剂、储存/运输条件，以及建立参考范围。确定合适的样品制备、色谱柱选择、流动相和内标选择只是常规方法开发中面临的众多挑战中的一小部分。