多种液相色谱格式和色谱柱属性(包括RP、SEC、IEC、HILIC、HIC、亲和或制备)以及与各种检测器(如UV-Vis、荧光、光散射和MS)结合的能力，有助于使液相色谱成为常规分析生物制药关键质量属性的理想工具。生物制药的分析提出了独特的挑战，因为它们：


　　1.与小分子药物相比，体积相对较大。

　　2.物理特性，如蛋白质和肽分子的多种电荷状态。

　　3.微观异质性


　　这需要多种正交技术来完成表，一些可能影响药物安全性和有效性的结构变异可能以低浓度存在。因此，分离低丰度蛋白质的样品制备是生物制药分析的关键步骤。有时，可能需要从头评估新的生物制药药物，因为文献中可能提供的信息很少。这可能需要使用通用检测器(如质谱仪)进行初步评估。此外，可能有必要使用辅助技术来检测不吸收紫外线的修饰、杂质或赋形剂。


　　虽然高效液相色谱法非常适合成熟生物制药的常规分析，但必须记住一些因素，以确保更好的色谱分析。为了最小化或消除生物分子对流动通道的粘附以及与金属离子(尤其是铁或钢)的相互作用，建议根据标准操作程序(SOP)定期钝化流动通道或使用生物惰性高效液相色谱系统。除了保持分子的完整性，使用生物惰性系统还可以消除因长期暴露在高盐浓度或高酸碱度的缓冲液中而导致的样品流道中金属成分的腐蚀。这些系统的样品流动路径由惰性材料制成，例如钛、聚醚醚酮(一种工程塑料)或陶瓷，它们具有抗氧化性和耐腐蚀性。


　　对于生物制药分析，不同类型的分析需要具有适当化学成分和尺寸的色谱柱。建议使用孔径较大、烷基链较短的RP柱进行完整的蛋白质分析，而SEC和IEC柱分别用于尺寸排阻和离子交换层析。亲水作用液相色谱(hilic)柱是聚糖分析的首选，C18-RP柱用于肽图谱。对于几乎所有这些应用，生物惰性柱可用于减少非特异性结合并提高重现性。


　　优化流速等色谱参数，实现良好的分辨率和灵敏度；调节流动相的离子强度和pH值可以保证分析物的溶解度，最大限度地减少它们与色谱柱上游离硅烷醇基的相互作用，保持生物分子的活性。保持最佳柱温很重要，因为生物分子在高温下容易变性。SEC色谱柱必须用已知尺寸和重量的合适标准进行校准。需要灵敏的检测器来检测和识别低丰度蛋白质和微小的修饰。