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一、开机
1、打开载气（He）钢瓶控制阀，设置分压阀压力至0.5MPa。2、打开计算机，登录进入Windows 2000系统。
3、打开GC、MSD主机电源，等待仪器自检完毕。
4、在桌面双击图标，进入MSD化学工作站。
5、查看仪器状态及真空泵运行状态。
5.1 在为MSD抽真空之前，请确保您的系统满足如下全部条件：
5.1.1 放空阀关闭（顺时针旋紧放空阀）
5.1.2 所有其他真空垫圈和配件均被放置和紧固好（前面板手紧螺母必须上好，但不要太紧）
5.1.3 连接MSD到一个接地电源。
5.1.4 GC/MSD接口装入柱箱。
5.1.5 老化好的毛细管柱被装在GC进样口和GC/MSD接口上。
5.1.6 启动GC，但并不启动GC/MSD接口加热区域、进样口部件和色谱柱箱。
5.1.7 连接纯度至少为99.999%的载气到带有推荐的吸附阱的GC上。
5.1.8 如果使用氢气作载气，载气流必须是关闭的。
5.1.9 前置泵排气妥善排到室外。
5.2在开载气流之前禁止开任何加热区域。没有载气流，加热柱子，将导致柱子的损坏。
二、调谐
调谐应在仪器至少开机2个小时后方可进行，若仪器长时间未开机，则建议将此时间延长至4小时。1、使用自动调谐：
1.1 自动调谐：在全扫描范围内的得到最大灵敏度。
1.2 标准谱图调谐：在全扫描范围内得到标准灵敏度。虽较自动调谐灵敏度稍低，但与谱库中标准谱图的匹配度更高，适合与谱库检索和定性。 1.3 快速调谐：调谐质量轴、峰宽和EM电压，以得到最佳灵敏度和分辨，以及精确测定质量数。当调谐的质量的同位素丰度在可接受的范围内，一般使用快速调谐做为日常调谐。
2、使用手动调谐：
手动调谐允许对话式的设置、修整某些参数，以便满足特殊分析的需要。用手动调谐可达到比自动调谐更高的灵敏度。
三、GC配置编辑
1、自动进样器配置设定：1.1进样量
1.2溶剂清洗模式
2、模块配置设定
2.1 进样口、检测器、PCM等的气体类型。
3、色谱柱参数设定
3.1 添加/选择色谱柱
3.2 选择进样口、检测器及加热类型。
4、其他项设定
4.1 压力
4.2 温度
4.3 阀进样/DEAN SWITCH等四、数据采集方法编辑
1、调用已有方法
2、编辑整个方法
2.1 进样器：手动/自动
2.2 柱模式：流量（恒流）、压力（恒压）
2.3 进样口: 前/后、进样体积、清洗体积、次数
2.4 阀：类型和个数
2.5 分流/不分流进样口：温度、分流比、隔垫/分流出口吹扫流量分流
2.6 柱箱：温度、时间程序
2.7 AUX参数：辅助参数设定
2.8 时间表：位置、设定值
2.9 信号参数：信号源、数据采集频率
2.10 质谱仪：调谐文件、溶剂延迟、扫描（SIM）参数、（另）保存方法
四、关机（放空）
1、如果系统装有规管控制器，请关掉规管及规管控制器。
2、放空程序关闭GC/MSD接口加热器，分析器加热器、真空泵加热器，且将GC炉温设置到30摄氏度。
3、在关载气之前要确保GC炉和GC/MSD接口已冷却。
4、如果使用氢气做载气，那么在关MSD电源之前必须关闭载气流。
5、软件提示可以关闭电源时，关闭MSD电源。
6、打开MSD上面的罩子。
7、逆时针方向旋转放空阀，将空气放入真空室。
五、操作过程中的重要提示
1、为了避免突发的重写、删除以及磁盘驱动器发生的硬件问题所产生的数据丢失，请经常及时备份数据和方法。2、确保所使用的调谐文件适合所分析的样品。
3、在电脑上保存调谐报告作为日后参考。
4、按MSD硬件手册及GC维修和故障调试手册所指示的那样进行系统维护，并为所有维修工作做记录。
5、当给MSD放空时，利用冷GC来进行维护，如重新放置进样口衬管、隔垫等。在抽真空后，要等待至少两小时以便MSD达到热平衡，这样才能调谐或采集数据。
6、最佳灵敏度通常在柱流速为1.2ml/min时或者更小一些。 当注入柱的样品多于1ul时，使用脉冲不分流方式并提高初始炉温10-20摄氏度。
7、对于不分流进样，脉冲不分流方式把较多量样品送入柱子，脉冲进样压力为初始
8、选定恒流方式可以在多数情况下提供最有效的分离，同时，在整个温度过程中产生恒定灵敏度。
9、对于一个新柱，检查柱的螺母在第一次加温循环后是否依然紧固。
10、使用GC键盘上的设置状态键来设置3个非常重要的项目（保留时间、炉温等），无论化学工作站是否在主视窗，这些一直都是能看到的。
