对离子色谱仪的维护，其实质就是对构成离子色谱仪几个主要组成部分的维护，主要有以下几部分。
1、滤头
流动相的起始部位，是长期处于湿润状态的，虽然一直放在超纯水中，但水是很容易变质的，所以需要经常换水，防止会生出藻类或菌类使滤头堵塞，从而造成系统压力的升高，或者会使其吸入到泵头内部污染单向阀，造成压力不稳以及流速不定。
2、恒流泵
泵头内较为重要的几个部件就是单向阀，宝石杆和高压密封圈，而一般出现问题很多时候也是这几个地方，所以每天在做完实验后对泵头进行清洗以及后冲洗是非常重要的。因为使用碱性试剂很容易结晶，容易划伤这些地方，因此需要保证充分完整的清洗。即使长期不使用仪器了，也是需要定期清洗一下的。
3、进样阀
进样阀如果被污染不仅容易造成堵塞，而且可能会出现一些莫名其妙的问题，所以每次实验完也是要对进样阀进行清洗工作，避免残留和污染，在清洗完后想办法盖上进样口，以防止灰尘污染。
4、色谱柱
色谱柱要尽量不要用水去冲洗，因为它在酸性或碱性情况下会更接近于使用环境，也会更容易抑制细菌生长。如果用纯水保存会很容易变质，另外色谱柱难承受有机物以及重金属的干扰，尽量避免进样品中此两种物质的进入。所以把色谱柱放在淋洗液的环境中密封保存就可以了。此外，如果长时间不使用色谱柱，也需要定期用淋洗液进行清洗，防止内部干燥及细菌生长。
5、抑制器
抑制器重要的是内部要保持湿润，所以如果我们长时间不使用一定要定期冲洗它，冲洗后把几个与大气相通的端口封闭保存。而且抑制器如果没有液体经过，不能直接打开电流，否则会使内部的交换膜被电解干裂，使其损坏。
6、电导检测器

电导检测器如果一段时间没使用仪器，可能会使电导值居高不下。这是因为抑制器内或电导池内的水变质了引起的，多冲洗下就可以降下来了，所以为避免这种情况，还是定期冲洗维护好。